El funcionamiento del CMLP por su naturaleza, tiene un régimen especial interno de formación militar, que compromete la intervención del Ministerio de Educación, Gobierno Regional del Callao y el Ministerio de Defensa, haciéndolo diferente a las demás instituciones educativas del país. La dirección, esta a cargo de un Coronel del Ejército con experiencia académica, nombrado por el Ministerio de Defensa y ratificado mediante resolución ejecutiva regional, del Gobierno Regional del Callao. El director es la primera autoridad de la institución y responsable de su conducción y administración integral, para lo cual cuenta con facultades de dirección y gestión.